هاپلوگروپ A اولین سلسله کروموزوم Y است که از آن جدا می شود ، که از آن همه شاخه های Y منشعب می شوند. هاپلوگروپ A بیشتر محدود به آفریقا است ، جایی که در چندین جمعیت با فرکانس پایین وجود دارد اما بیشتر در جمعیت قبایل Koi و San آفریقای جنوبی یافت می شود. زیر شاخه های اولیه A در مرکز آفریقا یافت شده است.